Apple informó que el reproductor de música iPod shuffle puede no reproducir todos los archivos AAC. Un documento en el sitio web de soporte de Apple señala que es posible que los usuarios no puedan reproducir canciones que esten codificadas por aplicaciones diferentes de iTunes. "Si trata de reproducir una canción en el iPod shuffle que fue codificada en formato AAC (.M4A) por una aplicación diferente a iTunes, el iPod shuffle no la reproducirá y saltará a la siguiente canción. Para prevenir esto, siempre use iTunes para codificar canciones en AAC para reproducir en el iPod shuffle. Las canciones adquiridas desde la iTunes Music Store (archivos .M4P y .M4B) no son afectadas por esto." Además los usuarios han registrado que el iPod shuffle puede no ser compatible con todos los puertos USB, incluyendo los usados en iMac G3s, eMacs, el Studio Display de 17 pulgadas ADC y ciertas configuraciones de Xserve.